มีวิธีสกัดยาจีนที่ใช้กันทั่วไปหลายวิธี การสกัดยาจีนที่มีส่วนประกอบทางเคมีต่างกันควรเลือกวิธีที่เหมาะสม วิธีการสกัดทั่วไป ได้แก่ การสกัดน้ำ การสกัดด้วยตัวทำละลายอินทรีย์ การสกัดด้วยตัวทำละลายอินทรีย์ที่เป็นกรดหรือด่าง การกลั่นด้วยไอน้ำ การไฮโดรไลซิสด้วยเอนไซม์ หรือการยับยั้งการไฮโดรไลซิสของเอนไซม์ การบำบัดทางเคมี การสกัดแบบระเหิด การสกัดแบบวิกฤตยิ่งยวด การสกัดด้วยคลื่นเสียงความถี่สูง การสกัดด้วยไมโครเวฟช่วย
การสกัดยาจีนส่วนใหญ่ใช้กระบวนการสกัดเช่นการสกัดแบบกวนหรือการสกัดแบบไดนามิกของปั๊มเนื่องจากการสกัดแบบกวนและตัวทำละลายของเหลวสามารถปรับปรุงผลการสกัดและความเร็วในการสกัดได้ เนื่องจากความแตกต่างของความเข้มข้นที่เพิ่มขึ้นและความดันที่ปลายด้านในของเส้นเลือดฝอยที่เป็นยามีมากกว่าความดันที่ปลายด้านนอก สารสกัดภายในวัสดุที่เป็นยาจึงไหลผ่านเส้นเลือดฝอยเข้าสู่ตัวทำละลายอย่างต่อเนื่อง