การเลือกตัวทำละลายในการสกัดที่เหมาะสมเป็นกุญแจสำคัญในการแยกและทำให้สารประกอบบริสุทธิ์ได้สำเร็จ
การเลือกที่ถูกต้องของการสกัดตัวทำละลายควรปฏิบัติตามประเด็นต่อไปนี้:
(1) ตัวทำละลายในการสกัดไม่ละลายน้ำหรือเกือบไม่ละลายในน้ำ
(2) ตัวทำละลายไม่ก่อให้เกิดปฏิกิริยาเคมีที่ไม่สามารถย้อนกลับได้กับส่วนประกอบในส่วนผสม
(3) ความสามารถในการละลายของสารที่สกัดในตัวทำละลายนั้นมีมาก ในขณะที่ความสามารถในการละลายของสิ่งสกปรกและส่วนประกอบอื่น ๆ ในตัวทำละลายนั้นมีน้อย
(4) จุดเดือดของตัวทำละลายในการสกัดไม่ควรสูงเกินไป และสามารถกำจัดออกจากตัวถูกละลายได้ง่ายโดยการกลั่นหรือวิธีการอื่นๆ
นอกจากนี้ ความเสถียรทางเคมีที่ดีของตัวทำละลาย ราคาต่ำ ความเป็นพิษต่ำ ความหนาแน่นสัมพัทธ์ที่เหมาะสม และความง่ายในการใช้งาน ก็เป็นปัจจัยที่ต้องพิจารณาเช่นกัน การเลือกใช้ตัวทำละลายในการสกัดขึ้นอยู่กับลักษณะของสารสกัด โดยทั่วไปแล้ว สารที่ละลายในน้ำได้ยากจะถูกสกัดด้วยปิโตรเลียมอีเทอร์ ฯลฯ สิ่งที่ละลายได้ดีกว่าจะถูกสกัดด้วยไดเอทิลอีเทอร์หรือโทลูอีน สารที่ละลายน้ำได้ง่ายจะถูกสกัดด้วยเอทิลอะซิเตตหรือตัวทำละลายอื่นที่คล้ายคลึงกัน ตัวอย่างเช่น การใช้อีเทอร์เพื่อสกัดกรดออกซาลิกจากน้ำไม่ได้ผล หากคุณใช้เอทิลอะซิเตตแทนผลที่ได้จะดีกว่า
ที่จริงแล้ว ตัวทำละลายในอุดมคติที่สมบูรณ์แบบนั้นหาได้ยาก ตราบใดที่เป็นไปตามข้อกำหนดหลัก ก็สามารถใช้งานได้แม้ว่าจะมีข้อบกพร่องอื่นๆ ก็ตาม ตัวทำละลายที่ใช้กันทั่วไป ได้แก่ อีเทอร์ ปิโตรเลียมอีเทอร์ เพนเทน เฮกเซน คาร์บอนเตตระคลอไรด์ คลอโรฟอร์ม ไดคลอโรมีเทน ไดคลอโรอีเทน โทลูอีน เอทิลอะซิเตต แอลกอฮอล์ ฯลฯ